Forschungsschwerpunkte von Reinhard Werth sind u. A. Lesestörungen (Legasthenie), Wiederherstellung visueller Funktionen nach Hirnschädigung, neurobiologische Grundlagen des Bewusstseins, Willensfreiheit, wissenschaftstheoretische Grundlagen der Psychologie.
Anthropologische Studien sowie kulturvergleichende Studien zu Raum- und Zeitwahrnehmung u. A. in der Algerischen Sahara (Tuareg), Persien, Afghanistan, Pakistan, Indien, Namibia (San, Himba), Tanzania (Haza, Datoga, Massai), Botsuana (San), Brasilien (Amazonas), Cuba, USA (Hopi, Navajo).